学科建设是高等学校建设的核心和提高教学科研水平的基础，通过2007年教育部对国家重点学科的考评增补认定，上海交通大学现有9个一级学科国家重点学科和11个二级学科国家重点学科。一级学科国家重点学科数量位居全国高校第5位，国家重点学科点数达到49个。